1) Acesse Cadastros->Itens->Produtos, aba contábil.
1.1) No canto direito da tela, em Configurações para outros CFOPS/Estados, clique no botão adicionar, selecione alterar e inclua as informações do CFOP com variações de CST, CSOSN e %MVA por estado:
1.2) Após o preenchimento selecione: salvar.
1.3) Nota: Para maiores informações sobre o CST e CSOSN Clique aqui.
1.3) O % MVA deve ser preenchido para os produtos que possuem ST.
2) No Cadastros->Geral->Natureza de operações, aba impostos marque os impostos que cada CFOP deve calcular. Maiores informações Clique aqui
3) Para configurar as informações de ICMS por estado Clique aqui
4) Orientações sobre a parte de aliquotas:
https://www.leandromarkus.com.br/consultoria-tributaria/diferenca-entre-aliquota-interna-e-interestadual/