1) Para emitir NFE de entrada de mercadoria, acesse:
Cadastros->Clientes->Clientes e cadastre o fornecedor como cliente.
2) Cadastros->Geral->Natureza de operações, cadastre a CFOP específica para esta entrada.
3) Cadastros->Itens->Produtos, aba contábil cadastre as informações contábeis para a entrada.
4) Acesse: Transações – Pedido de cliente – incluir
Selecione o fornecedor (que foi cadastrado como cliente), informe os produtos, condição de pagamento, preencher a aba faturamento com as informações da nota.
3) Na aba Logística preencher as informações de frete e transportadora.
4) Faturar e emitir NFE.
Nota: A Transportadora é cadastrada como Fornecedor, pois a transportadora presta Serviços de Transporte.
Basta ir em Cadastro->Fornecedores e incluir.
Colocar as informações e marcar a opção TRANSPORTADORA.
5) Caso tenha o xml da nfe pode utilizar: Transações->Importar XML de NFe, marcando a opção: importar como pedido de cliente.